Európska komisia (EK) sa v apríli 2019 naozaj rozhodla prešetriť novozavedenú platbu 2,5 percentného odvodu zo strany potravinárskeho maloobchodného sektora. Podľa zákona č. 385/2018 Z. z. o osobitnom odvode obchodných reťazcov účinného od 1. januára 2019 by obchodníci boli za určitých podmienok od dane úplne alebo čiastočne oslobodení. Odvádzať daň by tak muselo iba sedem obchodníkov, pričom v šiestich prípadoch ide o spoločnosti z iných členských štátov EÚ. Podľa EK môže toto opatrenie poskytovať selektívnu výhodu spoločnostiam oslobodeným od dane a môže negatívne ovplyvniť spotrebiteľov, a to zvýšením cien a znížením spotrebiteľského výberu na slovenskom trhu. “Podľa predbežného posúdenia Komisie nemožno príslušné výnimky týkajúce sa platby daného odvodu odôvodniť na základe logiky slovenského daňového systému, ktorý spočíva v prerozdelení ziskov maloobchodných skupín v rámci potravinového dodávateľského reťazca v prospech poľnohospodárov a výrobcov potravín. Slovensko doteraz nepreukázalo, prečo sa podniky oslobodené od tohto odvodu nachádzajú v inej situácii ako podniky, ktoré ho hradiť majú.” Keďže Slovenská republika o novom odvode neinformovala, EK sa vecou začala zaoberať na základe informácií získaných od zainteresovaných strán. V decembri 2018 jej takisto bola doručená formálna sťažnosť, podľa ktorej slovenská maloobchodná daň porušuje jednotné európske pravidlá. Ku konaniu vo veci EK priviedol aj Richard Sulík. Ten poslal list Európskej komisárke pe verejnú súťaž  Margrethe Vestager a následne sa s ňou aj osobne stretol. Podľa Sulíkových slov dospeli k záveru, že osobitný odvod je “nedovolená štátna pomoc,” ktorá je “nefér voči niektorej skupine obchodníkov” a “prispeje k nárastu cien potravín.” EK následne vydala neštandardný súdny príkaz, v ktorom požiadala Slovenskú republiku o pozastavenie uplatňovania zákona o osobitnom odvode obchodných reťazcov, až kým nebude ukončené jeho hĺbkové preskúmanie.