Správy z prvej a druhej etapy prierezovej kontroly zdravotníctva boli publikované NKÚ v septembri 2016, respektíve júni 2017. Oba dokumenty sa snažili zamerať na dodržiavanie všeobecne záväzných právnych predpisov, na hospodárnosť, efektívnosť a účinnosť pri nakladaní s verejnými financiami a majetkom vybraných zdravotníckych zariadení.

Prvá čiastková správa sa zaoberala deviatimi koncovými zariadeniami, ktoré sú príspevkovými organizáciami v zriaďovateľskej pôsobnosti Ministerstva zdravotníctva (MZ) SR. Konkrétne šlo o fakultné nemocnice v Banskej Bystrici, Nitre, Nových Zámkoch, Žiline, Trnave, Trenčíne a univerzitné nemocnice v Bratislave a Košiciach. V časti 3.1.2 Úhrady za poskytnutú zdravotnú starostlivosť (.pdf, s. 16) sa píše:

V správe sa vypočítavala a vzájomne porovnávala výška nákladov na 100,00 eur celkovej poskytnutej zdravotnej starostlivosti v spomínaných zdravotníckych zariadeniach. Priemerné náklady na 100,00 eur celkovej poskytnutej zdravotnej starostlivosti v rámci rokov 2011 - 2015 boli v sume až 122,59 eur, pričom náklady na týchto 100,00 eur sa v jednotlivých nemocniciach pohybovali v rozmedzí od 161 eur (rok 2011 vo FN Trnava) po 95,32 eur (rok 2014 vo FN Nitra). V roku 2017 sa k analýze deviatich fakultných a univerzitných nemocníc pridali tri detské fakultné nemocnice v Bratislave, Banskej Bystrici a Košiciach. Dokopy tak druhá čiastková správa (.pdf, s. 15) konštatovala, že "priemerné náklady na 100 eur uhradenej zdravotnej starostlivosti v 12 príspevkových organizáciách medzi rokmi 2011 - 2015 predstavovali sumu 133,50 eur. V rozhodujúcej časti nemocníc bol tento pomer najhorší v roku 2011, kedy napr. v DFNsP Bratislava dosiahli náklady 167 €, kým v roku 2014 „iba“ 122 €. Trend zlepšovania pomeru uhradenej zdravotnej starostlivosti a nákladov sa v sledovanom období zlepšoval takmer vo všetkých organizáciách, v roku 2015 poklesol v priemere na cca 115 €".

Čiastková správa 2 (.pdf, s. 20) sa zaoberala tiež piatimi samosprávnymi nemocnicami v Dolnom Kubíne, Považskej Bystrici, Prievidzi, Zlatých Moravciach a Nitre (tú tvoria dve prevádzky - Topoľčany a Levice). Tu priemerné náklady na 100 eur uhradenej zdravotnej starostlivosti predstavovali sumu 111,28 eur. Tieto i predošlé údaje svedčia o tom, že činnosť nemocníc dosahuje náklady, ktoré nie sú v plnej miere hradené. Vo svojom záverečnom stanovisku (.pdf, s. 7) preto považuje Najvyšší kontrolný úrad SR "(...) za dôležité, aby zriaďovatelia venovali tomuto ukazovateľu mimoriadnu pozornosť. Musí byť zrejmé, akú úlohu v tomto negatívnom vzťahu zohrávajú objektívne (napr. štruktúra zdravotníckych služieb) a akú subjektívne faktory (neefektívny manažment). Aj v tomto prípade sú rozdiely medzi najlepším a najhorším pomerom nákladov a úhrad značné, preto je nevyhnutné tieto rozdiely objasniť".

Okrem nemocníc boli rovnakým spôsobom skúmané srdcovocievne ústavy v Bratislave, Banskej Bystrici a Košiciach (.pdf, s. 1). Tu priemerné náklady na 100 eur poskytnutej zdravotnej starostlivosti predstavovali 99,18 eur, čiže na každých 100 eur poskytnutej starostlivosti bol dosiahnutý, ako jediný skúmaný segment zdravotníckych zariadení, zisk v sume 0,82 eur. Ďalšie dve transformované zdravotnícke zariadenia v Poprade a Piešťanoch (.pdf, s. 26) vykazovali priemerné náklady na 100 eur poskytovanej zdravotnej starostlivosti 110,27, respektíve 113,06 eur.

Kontrolóri v súčasnosti realizujú už tretiu etapu kontroly, v rámci ktorej preverujú zdravotnícke zariadenia s rôznymi formami hospodárenia a nakladania s majetkom. Po jej ukončení sa zamerajú na samotný rezort zdravotníctva a všetky tri zdravotné poisťovne.