Bývalý minister školstva Plavčan osobne nariadil mimoriadnu kontrolu procesu rozdeľovania eurofondov na ministerstve a o prešetrenie požiadal aj Európsku komisiu (EK). Orgány činné v trestnom konaní, v tomto prípade Národná kriminálna agentúra (NAKA), však začali konanie na podnet generálneho prokurátora Čižnára, a Najvyšší kontrolný úrad (NKÚ) spustil kontrolu na základe výsledkov rizikovej analýzy riadiacich orgánov (ministerstvo školstva a Výskumná agentúra) operačného programu Výskum a inovácie z roku 2016. Na základe posledných dvoch menovaných dôvodov hodnotíme výrok ako nepravdivý.

Škandál s prerozdeľovaním eurofondov na dlhodobý strategický vývoj a výskum (DSV) vo výške 288 miliónov eur prepukol po tom, čo médiá 10. júla 2017 zverejnili informáciu o liste rektorov a šéfa Slovenskej akadémie vied (SAV) adresovanom vtedajšiemu ministrovi školstva Petrovi Plavčanovi. Autori listu v ňom ostro kritizovali výsledky hodnotenia žiadostí z konca júna 2017, podľa ktorých boli veľké slovenské univerzity i SAV neúspešné. "Výsledok, že ani jeden projekt univerzitných vedeckých parkov a vedeckovýskumných centier výskumných univerzít a ústavov SAV nedostal finančnú podporu, odmietame a považujeme za škandalózny," uviedli rektori. 

Zverejnenie daného listu bolo nasledované veľkým medializovaním problematiky a ďalšími vlnami kritiky. Tie najsilnejšie zaznievali z radov neúspešných žiadateľov, opozície (najmä OĽaNO), a vedcov. Medzi najviac kritizované body patrili nedostatočná odbornosť a nezávislosť niektorých hodnotiteľov, podozrenie na korupciu hodnotiteľa, ktorý mal žiadať úplatok 20% z čiastky 7 miliónov eur požadovaných firmou Prefa Alfa, nekorektnosť a netransparentnosť hodnotenia, vágnosť kritérií hodnotenia, úspech firiem s pár zamestnancami, nízkym obratom a bez skúsenosti s výskumom, pridelenie finančných prostriedkov firmám blízkym predstaviteľom vládnej koalície, zmena kritérií hodnotenia projektov z výzvy na podporu priemyselných výskumno-vývojových centier (PVVC), či odchod ministra Plavčana uprostred krízy na dovolenku.

Ministerstvo školstva, vedy, výskumu a športu (MŠVVaŠ) na sťažnosť zástupcov univerzitných výskumných centier a ústavov SAV reagovalo hneď 11. júla 2017. Uviedlo, že zdrojom kritiky voči ministerstvu je neznalosť situácie, a že "tento rok Výskumná agentúra uzavrela zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku (NFP) so všetkými žiadateľmi v rámci dvoch výziev na tzv. fázované projekty Univerzitných vedeckých parkov a výskumných centier." Zároveň oznámilo úmysel s autormi zmieneného listu diskutovať.

Stretnutie s rektormi prebehlo 12. júla 2017. Minister Plavčan sa zaviazal, že preverí hodnotenie projektov a plnenie kritérií subjektmi, ktoré sa do výzvy prihlásili. Zároveň prisľúbil vyhlásenie novej výzvy na udržateľnosť a rozvoj vedeckých parkov a podporu mladých vedcov v priebehu jesene 2017. Okrem toho pripomenul aj aktuálny stav výzvy DSV. Proces schvaľovania bol v tom čase neukončený, a teda výsledky ešte neuzavreté; dôležitou bola aj snaha ministerstva podporiť výskum v podnikateľskom sektore. 

Neutíchajúcej kritike sa MŠVVaŠ a minister Plavčan opakovane bránili prostredníctvom oficiálnych vyhlásení. Rezort vydal stanovisko k podozreniam z korupcie hodnotiteľov a demonštroval pridelenie finančných prostriedkov univerzitám a odborným pracoviskám SAV v rámci výzvy PVVC. Zároveň Plavčan nariadil mimoriadnu internú kontrolu výberového procesu schvaľovania Žiadostí o NFP, a o previerku požiadal aj Európsku komisiu. Proces schvaľovania projektov bol do skončenia kontrolypozastavený. 

Dňa 3. augusta 2017 poslala EK na Slovensko v danej veci varovný list. V ňom informovala, že financie z eurofondov nebudú vyplatené, dokým neskončí prebiehajúca kontrola výberového procesu a nebudú "prijaté primerané nápravné opatrenia“. Z hľadiska MŠVVaŠ bol tento list "niektorými médiami zneužitý a nesprávne prezentovaný tak, že potvrdzuje veľké problémy Ministerstva školstva (...) V skutočnosti je varovný list v európskej legislatíve zakotvený ako preventívny nástroj, ktorý vôbec neslúži na oznámenie finančných sankcií/korekcií". Ministerstvo v súvislosti s reakciami na list EK hovorilo o "mediálnej hystérii".

Okrem samotného ministerstva a Európskej komisie sa do preverovania rozdeľovania eurofondov zapojila aj NAKA. Tá konanie začala na podnet generálneho prokurátora Jaromíra Čižnára. Minister Plavčan sa k policajnej kontrole nevyjadroval, prešetrovanie však uvítal. Ďalším orgánom činným v danej veci je NKÚ, ktorý "pristúpil ku kontrole na základe rizikovej analýzy z minulého roku, podľa ktorej v rámci operačného programu Výskum a inovácie sú vážne riziká na riadiacom orgáne, teda ministerstve školstva a sprostredkovateľskej Výskumnej agentúre". Medzi najväčšie riziká patril práve výber hodnotiteľov, ktorý NKÚ kritizoval už v roku 2012. Kontrola by mala trvať do konca septembra 2017.

Celá kauza nakoniec vyvrcholila 17. augusta 2017 odstúpením ministra Plavčana. Jeho nástupkyňa Martina Lubyová (nom. SNS) výzvu DSV zrušila, čo odôvodnila nasledovne: "Nové znenie výzvy bude reflektovať celospoločenskú požiadavku na prísnejšie kritériá na kvalitu predkladaných projektov a potrebu väčšej otvorenosti a transparentnosti používaných postupov, od procesu prípravy a vyhlásenia výzvy až po hodnotenie a výber najlepších projektov. Výzva bude v čo najkratšom čase opätovne vyhlásená".