Vtedajší minister zahraničných vecí Eduard Kukan bol v prezidentských voľbách v roku 2004 podporovaný stranou SDKÚ, a podľa prieskumov bol považovaný za jasného favorita. V súboji druhého kola sa však nakoniec stretli Vladimír Mečiar s 32,7-percentnou podporou a Ivan Gašparovič s 22,3 percentami. Až tretí skončil Eduard Kukan (22,09 percenta). O jeho neúspechu rozhodlo len 3644 hlasov. Za ním skončili R. Schuster, F. Mikloško a M. Bútora.
Kukanovi nepomohlo ani odstúpenie herca, bratislavského župana Ľuba Romana.
Kukan s odstupom desiatich rokov hovorí, že podcenili mobilizáciu voličov. „Mnohí sa na nich nezúčastnili, lebo môj postup považovali za automatický,“ hovorí europoslanec.
Výsledky prezidentských volieb 2004 boli nasledovné: