Zmluva Slovenska a Svätej stolice je výnimočná tým, že je nadradená ďalším právnym predpisom v štáte. Ako v diskusii odznelo, Slovensko neprijalo najkontroverznejšie časti o výhrade vo svedomí a financovaní cirkvi. Od roku 2004 však u nás platia časti zmluvy o financovaní katolíckej výchovy a vzdelávania, a o duchovnej službe katolíckym veriacim v ozbrojených silách  a ozbrojených zložkách SR.

Túto zmluvu kritizovali po jej prijatí europoslanci, varovali pred ,,medzinárodnou zmluvou o ľudských právach" a vnímali ju ako nebezpečný precedens. Časopis Politické vedy tvrdí, že zmluvu s tak silným postavením cirkvi nemajú podpísanú ani typicky katolícke krajiny ako Poľsko, Taliansko či Španielsko. Nezaradený poslanec Krajcer správne hovorí o tom, že žiadnu zmluvu tohto typu iný štát na svete nemá.